 |
Быстрый набор V2 K001S-A приготовления уроков библиотеки ДНК, K001S-B
Подробная информация о продукте:
| Место происхождения: | Китай |
| Фирменное наименование: | GDSBio |
| Сертификация: | ISO9001, ISO13485 |
| Номер модели: | K001S-A, K001S-B |
Оплата и доставка Условия:
| Количество мин заказа: | 1 набор |
|---|---|
| Упаковывая детали: | небольшой пакет или большая часть распределяют или OEM |
| Время доставки: | 8 дней работы |
| Условия оплаты: | L/C, D/A, D/P, T/T, западное соединение, MoneyGram |
| Поставка способности: | 1000 наборов в день |
|
Подробная информация |
|||
| Запас: | да | Кот. Нет.: | K001S-A, K001S-B |
|---|---|---|---|
| Спецификация: | Rxns K001S-A/24; Rxns K001S-B/96; rxns мешка 6 образца | Возникновение: | Полный, отсутствие повреждения |
| Тип библиотеки: | ДНК | Sequencing платформа: | Illumina |
| Печатание логотипа: | С печатанием логотипа | Пакет перехода: | Упаковка |
| Производственная мощность: | 1000 наборов в день | Условия хранения: | -20°C, с периодом ценности 12 месяцев. |
| Высокий свет: | Трубка забора вируса GDSBio устранимая,Трубка забора вируса класса I устранимая,Нейлона вируса трубка 100% забора |
||
Характер продукции
Быстрый набор V2 приготовления уроков библиотеки ДНК
[Название продукта]
Быстрый набор V2 приготовления уроков библиотеки ДНК
[Кот. Нет/спецификации.]
Rxns K001S-A/24; Rxns K001S-B/96; rxns мешка 6 образца
[Характер продукции]
Направляющ на высоко-объем Illumina sequencing платформа, этот набор обеспечивает удобную и всеобщую схему конструкции библиотеки ДНК в одной трубке. Он совмещает ремонт конца и -замыкать в один шаг, значительно сокращая время конструкции библиотеки и уменьшая ошибку причиненную нудными шагами. Подготовку конца, перешнуровку переходника, амплификацию и очищение разделенной, который двух-сели на мель ДНК можно выполнить в пределах около 2 часов. Полная квантификация библиотеки может быть выполнена методом люминесцентной краски dsDNA (например, термо- флуорометром гибкого трубопровода Qubit) или абсолютным PCR квантификации после разбавлять библиотеку к соотвествующей концентрации.
[Тип образца]
| Применение | Тип образца | Порекомендованное количество |
| Весь sequencing генома | Высококачественные сложные геномы | 50ng-1μg |
| Sequencing захвата цели всего exome | Высококачественные сложные геномы | 10ng-1μg |
| Sequencing захвата цели всего генома | ДНК FFPE | ≥50ng |
| Sequencing захвата цели всего генома | cfDNA/ctDNA | ≥100pg |
| Весь sequencing генома | Микробный геном | 1ng-1μg |
| Весь sequencing генома (PCR свободный от) | Высококачественная ДНК |
≥50ng (отсутствие выбора размера) ≥200ng (выбор размера) |
| Обломок-Seq | ДНК обломока | ≥100pg |
| Прицеленный sequencing | Amplicon | ≥100pg |
[Условие & срок годности при хранении хранения]
Все реагенты следует сохранить на буфере перешнуровки -20°C. нормальны для кристаллов для того чтобы осадить на низких температурах, ем должны быть сбалансированы к комнатной температуре перед использованием. Продукт действителен на 12 месяца.
[Компоненты]
| Компонент | 24 rxns | 96 rxns |
| Ремонт конца & -замыкать смешивание энзима | μl 120 | μl 2×240 |
| Ремонт конца & буфер -замыкать | μl 240 | μl 2×480 |
| Быстрая лигаза ДНК | μl 120 | μl 2×240 |
| Быстрый буфер перешнуровки | μl 600 | μl 4×600 |
| Смешивание PCR HIFI библиотеки 2× мастерское | μl 600 | μl 4×600 |
| Праймер Mix* | μl 120 | μl 480 |
* если больше чем один образец, то порекомендовано смешивание праймера переходника #K002 и #K003. Этот набор обеспечивает набор праймеров с индексом.
Примечание: порекомендованные шарики выбора: Шарики выбора Magbeads или AMPure XP ДНК #NC1011 GDSPure.
[Примечания]
1. Мы предлагаем 2 типа всеобщего набора праймеров переходника (переходника GDS, #K002 и #K003, купленных отдельно), но клиенты могут также выбрать от других изготовителей или синтезировать их собственный переходник для Illumina sequencing платформа. Слишком много переходника приведет к образованию димера переходника, и недостаточный переходник приведет к низкому выходу библиотеки. Поэтому, соотвествующая концентрация переходника определяет концентрацию и качество библиотеки. Порекомендованная концентрация переходника для различного количества входного сигнала ДНК показана в следующей таблице:
Порекомендованная таблица 1 использует концентрацию переходника
| Входной сигнал ДНК | Порекомендованное conc для переходника | Переходник: Моль Ratio* вставки | Градусы разбавления переходника GDS |
| 1μg | 10μM | 10:1 | Отсутствие разбавления |
| 500ng | 10μM | 20:1 | Отсутствие разбавления |
| 250ng | 10μM | 40:1 | Отсутствие разбавления |
| 100ng | 7.5μM | 100:1 | 3:4 |
| 50ng | 5μM | 200:1 | 1:2 |
| 25ng | 2.5μM | 200:1 | 1:4 |
| 1ng | 1μM | 200:1 | 1:10 |
* переходник: Коэффициент моли вставки ссылается на коэффициент номера переходника молярного от других источников к номеру ДНК входного сигнала молярному, который может грубо быть высчитан путем ссылаться на следующую формулу:
Входной сигнал ДНК номер (pmol) ≈Input ДНК масса) (ng/[длина среднего ДНК 0.66×Input (bp)]
качество *The и концентрация переходника значительно повлиять на выход библиотеки, особенно для низких библиотек входного сигнала. Переходник от высококачественного источника должен быть выбран и разбавлен к соотвествующей концентрации с 0.1×TE перед перешнуровкой. Для немедленной пользы, обеспечьте что каждое добавление образца фиксированные 5 μl, избегите ошибок добавлению образца, и попробуйте избежать повторенного замораживани-таяния.
2. Энзим используемый в смешивании PCR HIFI библиотеки 2× мастерском полимераза ДНК семьи b, которая имеет 5" - 3" полимераза и 3" - 5" деятельности при exonuclease, но нуждается 5" - 3" деятельности при exonuclease. Он имеет высокое качество аудио и однородность, и сильную устойчивую способность синтеза. Строгий контроль числа циклов амплификации особенно важен для выхода библиотеки. Следующая таблица показывает порекомендованное число циклов амплификации соответствие к различному количеству входного сигнала ДНК:
Число порекомендованное таблицей 2 циклов амплификации соответствие к различным входным сигналам образца
| ДНК входного сигнала | Порекомендованное число циклов амплификации | |
| библиотека 100ng | библиотека 1μg | |
| 1μg | 0 | 2-5 |
| 500ng | 0 | 2-5 |
| 250ng | 1-3 | 5-7 |
| 100ng | 2-4 | 6-8 |
| 50ng | 4-6 | 8-10 |
| 25ng | 5-7 | 9-12 |
| 10ng | 7-9 | 11-13 |
| 5ng | 9-11 | 13-14 |
| 2.5ng | 10-12 | 14-16 |
| 1ng | 11-13 | 15-17 |
Примечание: 1. Вышеуказанная таблица показывает результаты теста использующ 150bp стандартная ДНК, которая для ссылки только.
2. Если неполные соединители использованы, то минимальное количество циклов (1-3) должно быть усилено для того чтобы получить полную библиотеку.
3. Если качество ДНК входного сигнала плохо, или выбор размера унесен во время конструкции библиотеки, то число циклов амплификации должно соотвественно быть увеличено.
[Стандартный процесс конструкции библиотеки]
Ремонт конца
Примечание: Если разделенная ДНК превышает μl, то 45 прежде чем этот шаг, или буфер несовместимы с буфером ремонта конца, магнитное очищение шарика должно быть выполнено сперва.
1. Подготовьте следующую реакцию в трубке PCR 200 μl:
| Реагенты | Том |
| Разделенная ДНК | Переменная |
| Ремонт конца & -замыкать смешивание энзима | μl 5 |
| Ремонт конца & буфер -замыкать | μl 10 |
| ddH2 o | К μl 65 |
2. Вортекс нежно и закрутка вниз кратко, который нужно смешать хорошо, центрифуговать кратко и собрать полностью жидкость ко дну трубки.
3. Выполните следующую реакцию в термальном cycler:
| Температура | Время |
| 20°C | 15min |
| 65°C | 15min |
| 4°C | ∞ |
Перешнуровка переходника
1. Продолжайте с реакцией перешнуровки как можно скорее после подготовки конца.
2. Разбавьте переходник согласно таблице 1.
3. Подготовьте следующую систему реакции:
| Реагенты | Том |
| Ремонт конца и продукты -замыкать | μl 65 |
| Быстрый буфер перешнуровки | μl 25 |
| Быстрая лигаза ДНК | μl 5 |
| Переходник x | μl 5 |
| Итог | μl 100 |
4. Вортекс нежно и закрутка вниз кратко, который нужно смешать хорошо, центрифуговать кратко и собрать полностью жидкость ко дну трубки.
5. Выполните следующую реакцию в термальном cycler:
| Температура | Время |
| 20°C | 15min |
| 4°C | ∞ |
Порекомендованное решение для уборки PCR/выбора размера (специфический магнитный том шарика должен быть отрегулирован согласно фактическому размеру выборки)
1. Подготовьте 100 продуктов перешнуровки μl в соотвествующую трубку центрифуги.
2. Добавьте μl 100 ресуспензированных шариков выбора ДНК магнитных к образцу. Нежно дуновение с пипеткой для 10 раз (или вортекс для 30 s). Инкубируйте образцы на минута 5 на комнатной температуре.
3. Установите трубку на соотвествующем магнитном шкафе для того чтобы отделить шарики от супернатанта. Когда решение ясно, осторожно извлечь и сбросить супернатант с пипеткой (не сбросьте шарики).
4. Добавьте μl 200 этанола 80% свежо подготовленного к трубке пока в магнитном шкафе. Инкубируйте на комнатной температуре для 30 s, и после этого осторожно извлечь и сбросить супернатант (не нарушьте шарики).
5. Повторяйте раздел 4 раз для итога 2 мыть.
Примечание: Уверен извлечь полностью видимую жидкость после второго Вашингтона.
6. Воздух сушит шарики до тех пор пока поверхность магнитных шариков не будет иметь никакой очевидный лоск пока трубка на магнитном шкафе с крышкой открытой.
Примечание: Сделайте не overdry шарики, это смогите привести в более низком спасении ДНК. Когда шарики начинают треснуть, они слишком сухи.
7. Извлеките трубку из магнитного шкафа. Добавьте буфер вымывания 22 μl (Tris-HCl, pH8.0-8.5 10mM) к трубке. Смешайте хорошо путем капать из пипетки вверх и вниз по крайней мере 10 раз или на смесителе вортекса для 30 S. инкубирует на минута 3-5 на комнатной температуре.
8. Установите трубку на магнитном шкафе. После минуты 5 (или когда решение ясно), супернатант μl передачи 20 к новой трубке. Выбор выполнен, и выбранную ДНК можно использовать для последующих экспериментов или хранить на -20°C в течение длительного времени.
Амплификация библиотеки
1. Подготовьте следующую реакцию в трубке PCR 200 μl:
| Реагенты | Том |
| Продукты перешнуровки после выбора уборки или размера | μl 20 |
| Смешивание PCR HIFI библиотеки 2× мастерское | μl 25 |
| Смешивание праймера | μl 5 |
| Итог | μl 50 |
2. Вортекс нежно и закрутка вниз кратко, который нужно смешать хорошо, центрифуговать кратко и собрать полностью жидкость ко дну трубки.
3. Выполните следующую реакцию в термальном cycler:
| Температура | Время | Номер цикла |
| 95°C | 3min | 1 |
| 98°C | 20sec |
Отборное соотвествующее число циклов согласно таблице 2 |
| 60°C | 15sec | |
| 72°C | 30sec | |
| 72°C | 5min | 1 |
| 4°C | ∞ | - |
Порекомендованное решение для уборки PCR/выбора размера (специфический магнитный том шарика должен быть отрегулирован согласно фактическому размеру выборки)
1. Подготовьте 50 продуктов перешнуровки μl в соотвествующую трубку центрифуги.
2. Добавьте μl 45 ресуспензированных шариков выбора ДНК магнитных к образцу. Нежно дуновение с пипеткой для 10 раз (или вортекс для 30 s). Инкубируйте образцы на минута 5 на комнатной температуре.
3. Установите трубку на соотвествующем магнитном шкафе для того чтобы отделить шарики от супернатанта. Когда решение ясно, осторожно извлечь и сбросить супернатант с пипеткой (не сбросьте шарики).
4. Добавьте μl 200 этанола 80% свежо подготовленного к трубке пока в магнитном шкафе. Инкубируйте на комнатной температуре для 30 s, и после этого осторожно извлечь и сбросить супернатант (не нарушьте шарики).
5. Повторяйте раздел 4 раз для итога 2 мыть.
Примечание: Уверен извлечь полностью видимую жидкость после второго Вашингтона.
6. Воздух сушит шарики до тех пор пока поверхность магнитных шариков не будет иметь никакой очевидный лоск пока трубка на магнитном шкафе с крышкой открытой.
Примечание: Сделайте не overdry шарики, это смогите привести в более низком спасении ДНК. Когда шарики начинают треснуть, они слишком сухи.
7. Извлеките трубку из магнитного шкафа. Добавьте буфер вымывания 22 μl (Tris-HCl, pH8.0-8.5 10mM) к трубке. Смешайте хорошо путем капать из пипетки вверх и вниз по крайней мере 10 раз или на смесителе вортекса для 30 S. инкубирует на минута 3-5 на комнатной температуре.
8. Установите трубку на магнитном шкафе. После минуты 5 (или когда решение ясно), супернатант μl передачи 20 к новой трубке. Выбор выполнен, и выбранная ДНК можно хранить на 2-8°C на 1-2 недель или хранить на -20°C в течение длительного времени.
[Приложение] порекомендованная схема для двухстороннего выбора
Если двух-круглый выбор необходим, то мы обеспечиваем следующую схему для того чтобы выбрать соотвествующий магнитный том шарика согласно предполагаемому размеру библиотеки. Выбор размера можно выполнить перед ремонтом конца или после амплификации. Два или больше двух-круглый выбор значительно уменьшит выход библиотеки.
Заполните том библиотеки в таблице ниже к μl 100. Выберите том магнитных шариков в 2 кругах согласно предполагаемому размеру библиотеки. И унесите деятельность выбора согласно следующим инструкциям.
Количество порекомендованное таблицей 3 магнитных шариков для Двух-круглого выбора
| Предполагаемый размер библиотеки | 150bp | 200bp | 250bp | 300bp | 400bp | 500bp | 600bp | 700bp | |
| Том шариков (μl) | Круг 1 | 100 | 90 | 80 | 70 | 60 | 55 | 50 | 45 |
| Круг 2 | 30 | 20 | 20 | 20 | 20 | 15 | 15 | 15 | |
1. Заполните том библиотеки к μl 100 в трубке PCR 200μl и обозначенному как A. Добавление некоторый том магнитных шариков согласно таблице 3 (вокруг 1) к дуновению A. трубки Нежн с пипеткой для 30 S. инкубирует образцы на минута 5 на комнатной температуре.
2. Установите трубку a на соотвествующем магнитном шкафе для того чтобы отделить шарики от супернатанта. Когда решение ясно, осторожно извлеките супернатант к новой трубке и обозначьте его как шарики B. Сбрасывать.
3. Добавьте некоторый том магнитных шариков согласно таблице 3 (вокруг 2) к дуновению B. трубки Нежн с пипеткой для 30 S. инкубирует образцы на минута 5 на комнатной температуре. Установите трубку b на магнитном шкафе. Когда решение ясно, осторожно извлечь и сбросить супернатант.
4. Добавьте μl 200 этанола 80% свежо подготовленного к трубке b пока в магнитном шкафе. Инкубируйте на комнатной температуре для 30 s, и после этого осторожно извлечь и сбросить супернатант (не нарушьте шарики).
5. Повторяйте раздел 6 раз для итога 2 мыть.
Примечание: Уверен извлечь полностью видимую жидкость после второго Вашингтона.
6. Воздух сушит шарики до тех пор пока поверхность магнитных шариков не будет иметь никакой очевидный лоск пока трубка b на магнитном шкафе с крышкой открытой.
Примечание: Сделайте не overdry шарики, это смогите привести в более низком спасении ДНК. Когда шарики начинают треснуть, они слишком сухи.
7. Извлеките трубку b из магнитного шкафа. Добавьте буфер вымывания 22 μl к трубке. Смешайте хорошо путем капать из пипетки вверх и вниз по крайней мере 10 раз или на смесителе вортекса для 30 S. инкубирует на минута 3-5 на комнатной температуре.
Примечание: Если прицеленный захват не будет выполнен, то добавьте буфер вымывания (Tris-HCl 10mM, пэ-аш 8.0-8.5) для вымывания. В противном случае, простерилизованная ultrapure вода должна быть использована для вымывания.
- Трубка b места на магнитном шкафе. Супернатант μl передачи 20 к новой трубке.
Для пользы исследования только
